I wrote to the support and became with in hours this answer:
"
Das ganze ist ein wenig kompliziert das gebe ich zu.
Allerdings ist es so,das Board GA-78LMT-USB3 gibt es nur in der Rev. 4.1 und 5.0
beide Boards haben ausschließlich 4 Pin PWM Lüfterunterstützung.
Der andere Fall ist das ältere GA-78LMT-S...
welches es in div. Revisionen gab.
Dort gab es verschiedene Lösungen der Lüftersteuerung."
Translation (hopdefully not too weird

):
"It's a little complicated, I had to admit.
The GA-78LMT-USB3 exists only in the revision 4.1 and 5.0. Both mainboards have only 4 pin PWM fan support.
The older GA-78LMT-S... is a different case. These boards had several options of fan control."